“國知局于2022年6月10日發(fā)布第四五八號公告,宣布從2022年7月1日起,向國知局提交的國家專利申請和PCT國際申請,包含于序列表的,該序列表電子文件應符合WIPO ST.26標準要求。”
一、ST.26的背景
1998年11月,WIPO出臺了《專利申請中核苷酸和氨基酸序列表的表述標準》,這就是WIPO ST.25.然后,國知局于2001年發(fā)布了ZC_0003-2001《核苷酸和/或氨基酸序列表和序列表電子文件標準》。其結(jié)合我國的一些國情對WIPO ST.25進行了一些適當?shù)男薷摹?001年11月,國知局公布ZC_0003-2001于2001年11月1日起,正式實施,一直沿用至今。但是,隨著時代的發(fā)展和進步,ST.25逐漸暴露出起諸多弊端,特別是電子形式的標準化的深入,ST.25很難用于數(shù)據(jù)交換和自動驗證匹配。
因此,出于對電子形式的需要,以及對序列精確描述和檢索的需要,EPO于2010年向WIPO標準委員會提出了建立一個基于XML格式的生物序列標準ST.26.其目的在于統(tǒng)一全球的標準,使得原本25中模糊不清的規(guī)則得到統(tǒng)一,同時能夠提高電子形式的驗證匹配和檢索,最后還能提高序列描述的精確程度。該標準于2010年10月開始由EPO負責牽頭起草,2016年3月正式審議通過。這就是WIPO ST.26標準的由來。
國知局于2022年6月10日發(fā)布第四五八號公告,宣布從2022年7月1日起,向國知局提交的國家專利申請和PCT國際申請,包含于序列表的,該序列表電子文件應符合WIPO ST.26標準要求。因此,距今為止,該標準已經(jīng)實行了一個月左右了,大家也都是處于摸著石頭過河的階段,歡迎各位同行共同討論遇到的問題和解決方法。
二、WIPO Sequence軟件的簡介
與WIPO ST.26標準同步發(fā)布的,也就是一款全新的軟件WIPO Sequence。這款軟件據(jù)稱由多國共同開發(fā),因此,基本上各個國家不會在發(fā)布類似之前的PatentIn 3.5或者SIPO Sequence,以后都會統(tǒng)一使用WIPO Sequence,換句話說,這次發(fā)布的WIPO Sequence將會成為生物領域?qū)@韼熞院箝L久打交道的工具。說實話,軟件穩(wěn)定性不佳,筆者在寫這篇文章的時候,頻繁出現(xiàn)項目不能加載的情況:
?有些時候重啟電腦可以解決,有些時候重啟電腦仍然無法決絕。至今未能找到錯誤原因。
進入正題,首先,這款軟件不是PatentIn,是有中文的,但是很多小伙伴卻發(fā)現(xiàn)每次進去了之后都是默認為英文,然后都要手動的將它調(diào)成中文,筆者也曾經(jīng)很苦惱這個事情。但實際上它是可以設置的。咱們首先打開WIPO Sequence,會看到如下的標簽欄:
其中,有一個優(yōu)選項,點開它,會跳轉(zhuǎn)到下面這一個頁面:
點擊旁邊筆型圖案就可以進行修改啦,將工具界面默認語言修改為中文,這樣每次打開之后都是中文了,再也不需要將其手動從英文調(diào)成中文。
接下來,簡單介紹一下上面標簽欄的各個標簽:
第一個就是“項目”,也就是我們每一件申請需要制作序列表的地方,都在項目這一欄中完成。
第二個是“個人和組織”,可以把它理解成專屬于代理師自己的整理庫,可以把自己經(jīng)常服務的申請人和發(fā)明人都增加進去,這樣每次只需要勾選不需要重新輸入一遍了。
右上角有一個“創(chuàng)建新個人或組織”,點開之后,就可以填寫名稱、語言,和拉丁名稱。名稱正常填寫,語言根據(jù)需要進行選擇,國內(nèi)一般選擇中文。
注意雖然此處拉丁名稱沒有標星號,沒填寫也可以保存。但實際上,在序列表制作過程中是必須的,不然無法保存申請人。因此,建議此處可以寫申請人和發(fā)明人的英文名,沒有英文名可以寫拼音。
第三個是“生物體”,跟之前的所有軟件一樣,WIPO Sequence也是可以自主添加生物體的,而且在該處添加的生物體,會自動出現(xiàn)在往后所有項目中Organism中。
所以,其實關于在WIPO Sequence中爭議頗多的“Artificial Sequence”這一選項的消失,很多同行建議用選項中存在的“Synthetic Construct”,即人工構(gòu)建體替代。筆者卻認為,可以自主添加Artificial Sequence,然后其在以后的項目中均可以選擇,也不會報錯。而“Synthetic Construct”,即人工構(gòu)建體,筆者的理解其更多是偏向于載體之類的,而常見的核酸引物和探針其實并不屬于人工構(gòu)建體。
第四個是“幫助”,在該標簽里面會獲得一些其余的資料,包括軟件的操作手冊,標準ST.26的介紹。前者是有中文的,后者并沒有中文。這個很容易就能在WIPO的官網(wǎng)上找到。
三、序列制作簡介
接下來,筆者簡單的對序列表的制作進行介紹。當然一些簡單的事項就不贅述了,主要是對一些易錯項和少見情況進行簡介。當然,筆者也處于摸索之中,難免會出現(xiàn)問題和錯誤,請各位同行諒解。
首先是申請確定,基本上咱們面臨的情況都是沒有申請?zhí)柕臅r候制作的,所以申請人檔案名是必填的,此處可以填一些申請人或代理師自己的案號,檔案名也會體現(xiàn)在項目欄中。
至于如果有申請?zhí)?,那就勾選分配申請?zhí)柡螅缓筇顚憣奶柎a和日期就行了。
接下來是申請人和發(fā)明人,如果如筆者所說創(chuàng)建了自己的發(fā)明人,則可以選擇現(xiàn)有發(fā)明人并在下拉菜單中進行選擇。
但是需要提醒的是,如果只操作到此處,在最后的驗證過程中會報錯,在保存了發(fā)明人之后,需要代理師手動回去選擇修改,將右下角的“標記為主要”打勾并保存。因為,ST.26只允許出現(xiàn)一個申請人,所以,需要將第一申請人標記為主要,在最后的格式中也只會出現(xiàn)第一申請人。
再次是發(fā)明名稱,此處并沒有過多的注意事項,填寫對應的發(fā)明名稱和語言即可。
最后則是重頭戲,序列。由于ST.26對于序列的各種特征規(guī)定的非常嚴格,所以在日常的制作中,代理師們需要根據(jù)序列的具體信息添加特征。
點擊創(chuàng)建新序列,則會出現(xiàn)如下方框:
序列名稱、分子類型、殘基大體上都跟之前使用PatentIn差不多,此處的生物體名稱,如果咱們自主創(chuàng)建了人工序列,則此處下拉菜單中就會有“Artificial sequence”這一選項,是可以進行選擇的。
需要提醒的是,殘基,也就是輸入序列的地方,不能再像之前使用ST.25一樣可以隨意輸入各種字符了,否則會出現(xiàn)如下提示:
現(xiàn)在核苷酸能使用的字符如下所示:
氨基酸能使用的字符如下所示:
總的來說,除開上述字符,核苷酸一律用n,氨基酸一律用X代替。然后再后續(xù)特征中選擇添加功能,并根據(jù)具體情況進行描述。
例如,我們需要創(chuàng)建一段核苷酸序列atciiiatgg ggggg那么,我們輸入的應該是atcnnnatggggggg,然后創(chuàng)建序列,并在如下圖所示中選擇添加功能:
選擇添加功能后將會出現(xiàn)如下選項:
我們在特征鍵的下拉菜單中根據(jù)需要選擇modified base,然后再特征位置標注4..7.這樣的意思是第4位到第7位為修飾堿基。特征鍵下拉菜單中有多種選項可以選擇,代理師可以根據(jù)序列具體序列信息進行選擇。而位置的表述在ST.26中也有明確描述,如下所示:
根據(jù)位置關系自行選擇輸入模式即可。
在位置和特征鍵均描述完之后,則會出現(xiàn)如下所示的限定符值選擇:
在限定符值的下拉菜單中選擇i,即可,點擊創(chuàng)建特征,就生成了我們想要創(chuàng)建的序列。
這樣一個序列基本上就創(chuàng)建好了。需要提醒的是,如果在限定符值的下拉菜單中并未找到我們想要的類型,則可以選擇OTHER,并在再次彈出的note中,繼續(xù)填寫限定符值,如下所示:
但是,筆者卻至今卡在此處,不知道如何解決該問題。如果是自己自定義的限定符值,按照它的操作,均填寫完畢后會報錯,如下所示:
該錯誤描述的“特征位置”暫時并不清楚其代表的含義。筆者有同事讓我在項目再開始的設置中設置非英文自由文本語言代碼,但仍然未解決該問題。
以上就是創(chuàng)建一個序列,特別是含有少見序列信息的序列的方法。當然,由于時間較短,筆者也只是簡單的介紹一些知識,遇到更為特殊信息的序列,其處理方法肯定更為復雜和少見,但是筆者今天所介紹的方法,應該足以應付95%以上的序列創(chuàng)建。
除此之外,還有一些注意事項需要各位關注:
1、雖然國知局規(guī)定了在以后的申請中,均只需要遞交XML格式的序列表,而不需要TXT格式的序列表。但是國知局同樣注明了為了方便計算費用,在遞交時,仍然需要遞交PDF版本的序列表,而把XML格式轉(zhuǎn)化成PDF格式是會出現(xiàn)亂碼而且不太美觀,但是WIPO Sequence自帶打印功能,就在項目名稱旁邊有一個打印按鈕,如下圖所示,即可完成打印,截止到目前為止,筆者遞交的國內(nèi)申請,PDF均是遞交的通過這一途徑打印出來的PDF。
2、在驗證過程中,出現(xiàn)警告可以無需理會,仍能生成序列表。但是如果一旦出現(xiàn)錯誤,則無法生成序列表,必須要把錯誤消除,才能生成序列表。
3、新版本序列表中只能出現(xiàn)一個申請人,因此,煩請在填寫申請人材料時,將第一申請人勾選為主要。
(原標題:關于WIPO ST.26 序列表制作的一些tips)
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