高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定主管部門：科技、財(cái)政、稅務(wù)部門;其他相關(guān)部門：環(huán)保、質(zhì)量/安監(jiān)、審計(jì)等部門。
每個(gè)部門所審查的要點(diǎn)不同，如：科技部門會對企業(yè)技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域、專利權(quán)屬及專利時(shí)效確認(rèn)、主要產(chǎn)品(服務(wù))收入占高新收入比例是否超過50%、申報(bào)前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報(bào)數(shù)據(jù)對比、申報(bào)材料各項(xiàng)指標(biāo)核對;
財(cái)政部門每年定期對承擔(dān)高企審計(jì)的事務(wù)所進(jìn)行底稿等風(fēng)險(xiǎn)檢查，并抽選部分企業(yè)進(jìn)行延伸檢查、會計(jì)師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會自律檢查。
不同申請領(lǐng)域的高新技術(shù)企業(yè)會安排相關(guān)專家進(jìn)行評分，并且每個(gè)領(lǐng)域的通過率不同。
第六條 科技部、財(cái)政部、稅務(wù)總局組成全國高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作領(lǐng)導(dǎo)小組(以下稱“領(lǐng)導(dǎo)小組”)，其主要職責(zé)為：
(一)確定全國高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作方向，審議高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作報(bào)告;
(二)協(xié)調(diào)、解決認(rèn)定及相關(guān)政策落實(shí)中的重大問題;
(三)裁決高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定事項(xiàng)中的重大爭議，監(jiān)督、檢查各地區(qū)認(rèn)定工作;
(四)對高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作出現(xiàn)重大問題的地區(qū)，提出整改意見。
第七條 領(lǐng)導(dǎo)小組下設(shè)辦公室。辦公室設(shè)在科技部，其主要職責(zé)為：
(一)提交高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作報(bào)告;
(二)組織實(shí)施對高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作的檢查;
(三)負(fù)責(zé)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作的專家資格的備案管理;
(四)建立并管理“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”;
(五)領(lǐng)導(dǎo)小組交辦的其他工作。
第八條 各省、自治區(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市科技行政管理部門同本級財(cái)政、稅務(wù)部門組成本地區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理機(jī)構(gòu)(以下稱“認(rèn)定機(jī)構(gòu)”)，根據(jù)本辦法開展下列工作：
(一)負(fù)責(zé)本行政區(qū)域內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作;
(二)接受企業(yè)提出的高新技術(shù)企業(yè)資格復(fù)審;
(三)負(fù)責(zé)對已認(rèn)定企業(yè)進(jìn)行監(jiān)督檢查，受理、核實(shí)并處理有關(guān)舉報(bào);
(四)選擇參與高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作的專家并報(bào)領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室備案。
第九條 企業(yè)取得高新技術(shù)企業(yè)資格后，應(yīng)依照本辦法第四條的規(guī)定到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理減稅、免稅手續(xù)。
享受減稅、免稅優(yōu)惠的高新技術(shù)企業(yè)，減稅、免稅條件發(fā)生變化的，應(yīng)當(dāng)自發(fā)生變化之日起15日內(nèi)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)告;不再符合減稅、免稅條件的，應(yīng)當(dāng)依法履行納稅義務(wù);未依法納稅的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)予以追繳。同時(shí)，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在執(zhí)行稅收優(yōu)惠政策過程中，發(fā)現(xiàn)企業(yè)不具備高新技術(shù)企業(yè)資格的，應(yīng)提請認(rèn)定機(jī)構(gòu)復(fù)核。復(fù)核期間，可暫停企業(yè)享受減免稅優(yōu)惠。
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