1、關注點不同
ISO9001:2008標準是一個管理體系標準，它通過建立方針和目標并實現(xiàn)這些目標來達到對質(zhì)量的指揮和控制，他關注的是使 與質(zhì)量目標有關的實現(xiàn)結(jié)果適當?shù)貪M足相關方的需求、期望和要求。而HACCP所關注的不是總體方針目標的制定和實現(xiàn)，而是通過進行危害分析、確定關鍵控制點、制定糾偏措施，以防止食品安全危害。這是兩個不同層次的系統(tǒng)，其建立的思路、使用范圍和評價要求均不同。
2、對控制的范圍要求不同
ISO9001:2008與HACCP都要求對過程進行分析和識別和控制，但ISO9001:2008是要求企業(yè)對全部的質(zhì)量體系過程進行識別，它包括質(zhì)量管理體系、管理職責、資源管理、產(chǎn)品實現(xiàn)及測量、分析和改進五個大的要素，其中既控制過程質(zhì)量，又控制產(chǎn)品質(zhì)量，最終達到顧客滿意。而HACCP只要求企業(yè)對影響安全衛(wèi)生的危害進行分析，對確定的關鍵控制點進行監(jiān)控，通過７個方面的控制，達到預防、消除或降低危害。
3、對文件化的要求和證實程度不同
ISO 9000與HACCP都需要建立程序，ISO9000是要求企業(yè)建立文件化的質(zhì)量管理體系，其中有6個要素要求企業(yè)建立并執(zhí)行文件化的程序并對文件的控制有著嚴格的要求。而HACCP僅要求企業(yè)建立記錄保存程序和驗證程序。ISO9001:2008要求企業(yè)提供符合要求和質(zhì)量管理體系有效運行的證據(jù)，而HACCP僅要求對分析、控制和驗證過程加以證實。
4、對質(zhì)量策劃的文件化要求不同
ISO9001:2008強調(diào)企業(yè)進行質(zhì)量策劃，并要求制定為確保其有效策劃所需的文件，為確保對過程的有效運行和控制，我們通常將質(zhì)量策劃的結(jié)果以適當形式形成文件，形成的文件可以是文件化的程序，也可以是質(zhì)量計劃，它強調(diào)的是質(zhì)量策劃的結(jié)果。而HACCP要求企業(yè)進行危害分析、確定關鍵控制點及關鍵限值、制定糾偏措施，要求對分析的過程形成文件，強調(diào)的是策劃的過程。
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